10-letni Morten Viks pragnie być taki sam jak jego tata. Buduje model statku i marzy o dalekiej, morskiej wyprawie. Niespodziewanie kurczy się do rozmiaru owada i staje się kapitanem swojej łodzi. Jednak żeglowanie to nie taka prosta sprawa…

Domek na drzewie tuż nad brzegiem morza, to tu Morten spędza wolny czas pisząc listy do ojca i chowając się przed surową ciotką Annabelle. Chłopiec pragnie wybrać się w podróż, przeżywać przygody, odkrywać nieznane lądy. Pewnego dnia do portowego miasta przybywa zwariowany magik i obsypuje tajemniczym proszkiem Mortena,. Bohater zmniejsza się i przenosi na pokład statku-zabawki. Nie jest jednak jedynym członkiem załogi, czeka go spotkanie z Królową Pająków i jej świtą. Jakim kapitanem okaże się chłopiec? Morten będzie musiał wykazać się nie lada odwagą, by znaleźć sposób na uratowanie statku przed zatonięciem i odkryć drogę powrotu do prawdziwego świata. Kapitan Morten i Królowa Pająków to zaskakująca animacja o potędze nieograniczonej dziecięcej wyobraźni.